मुखर्जी ने सुप्रीम कोर्ट के लिए पांच नए जजों को नियुक्त कर दिया है। राजस्थान हाईकोर्ट के मुख्य न्यायाधीश नवीन सिन्हा,मद्रास हाईकोर्ट के मुख्य न्यायाधीश संजय किशन कौल,छत्तीसगढ़ हाईकोर्ट के मुख्य न्यायाधीश दीपक गुप्ता,केरला हाईकोर्ट के मुख्य न्यायाधीश मोहन एम शंतनागउडर और कर्नाटक हाईकोर्ट के मुख्य न्यायाधीश एस अब्दुल नजीर को सुप्रीम कोर्ट के न्यायाधीश के तौर पर नियुक्त किया गया है। यह सभी अपनी नई नियुक्ति की तिथि से काम करना शुरू कर देंगे।